Die NES Classic Edition und Super NES Classic Edition sind zwar zwei verschiedene Konsolen, die Controller sind trotzdem für beide Konsolen kompatibel. Das bedeutet, dass der SNES Classic Controller auch auf der NES Classic funktioniert (und umgekehrt). Einen kleinen Haken hat es jedoch. Dem NES-Controller fehlen ein paar Tasten, welche für manche SNES-Spiele erforderlich sind.